Если Вы сами не отследили наличие/движение товара - это Ваш косяк. Вероятно уже поздно "пить Боржоми", но стоит попробовать.
Как его исправить?
1. Попросить поддержку перенести отгрузку на другой склад. Теоретически это возможно, практически, как повезет.
2. Самому поэкспериментировать со складами и товарами. Надежды мало,но все же...
3. Послать курьера из условного Томска в условный Омск с товаром.
4. Написать покупателю просьбу отменить заказ, и сделать его заново на следующий день. Если этот покупатель и Ваш товар оба хорошие, то такой вариант может и пройти.
5. Просто отменить заказ. Будет штраф, но небольшой.
6. Пойти напиться и забыться в страшном сне. Программа сама отменит этот заказ без Вашего участия.
Удачи!